胚胎的质量是决定移植成功与否的关键因素之一。如果胚胎发育不良或染色体异常，移植成功的几率会大大降低。高质量的胚胎通常具有正常的细胞分裂和良好的形态学特征。子宫内膜的厚度和容受性对胚胎着床至关重要。如果子宫内膜过薄或存在炎症、息肉等病变，会影响胚胎的着床。加之，子宫内膜的血流供应不足也会招致移植失败。免疫系统在胚胎着床过程中起着重要作用。
如果母体的免疫系统过度活跃，可能会攻击胚胎，酿成移植失败。例如，抗磷脂抗体综合征和自身免疫性疾病都可能影响胚胎着床。内分泌系统的平衡对胚胎移植的成功也非常重要。激素水平的波动，如雌激素、孕酮、甲状腺激素等，都会影响子宫内膜的准备和胚胎的着床。例如，黄体功能不全会致使孕酮水平不足，因此影响移植成功率。女性年龄是影响试管婴儿成功率的重要因素。随着年龄的增长，卵子质量和数量都会下降，故而增加移植失败的风险。
我们说的几个问题，35岁以上的女性进行试管婴儿的成功率较低。遗传因素也是酿成胚胎移植失败的一个重要原因。染色体异常、基因突变等遗传问题可能促成胚胎发育不良或停止发育。例如，染色体非整倍体会显著降低移植成功率。精子的质量同样重要。如果精子存在DNA损伤、形态异常或活力不足等问题，会影响受精过程和胚胎的早期发育，故而衍生出移植失败。生活方式和环境因素也会影响试管婴儿的成功率。吸烟、饮酒、肥胖、压力过大等不良生活习惯会降低胚胎移植的成功率。
更甚者，接触有害化学物质或辐射也可能对胚胎发育产生不利影响。医疗技术和操作水平也是影响移植成功率的重要因素。如果取卵、培养、移植等环节的技术不够成熟或操作不当，可能会招致胚胎受损或移植失败。选择经验丰富的医疗机构和专业的医生团队可以提高成功率。心理状态对试管婴儿的成功也有一定影响。过度紧张、焦虑或抑郁等负面情绪会影响内分泌系统的平衡，逻辑推演后影响胚胎着床。保持良好的心态和积极的心理状态有助于提高移植成功率。
进行胚胎染色体筛查可以帮助筛选出染色体正常的胚胎，提高移植成功率。但即便进行了筛查，也不能完全保证移植成功，因为其他因素仍然存在。既往的生殖系统疾病、手术史或其他慢性疾病可能会影响试管婴儿的成功率。例如，多囊卵巢综合征、子宫肌瘤、输卵管积水等都可能增加移植失败的风险。某些药物可能会影响胚胎的发育或子宫内膜的状态，水到渠成地影响移植成功率。例如，长期使用某些激素类药物或免疫遏制剂可能对生殖系统产生不利影响。
生殖道感染，如细菌性阴道炎、衣原体感染等，可能影响子宫内膜的健康，连锁反应下影响胚胎着床。正因如此，在进行试管婴儿前，应进行全面的生殖道检查并及时治疗感染。